با عنایت به تنوع فعالیت این مراکز در محور های قرآنی، آموزشی، فرهنگی، هنری، پژوهشی، ورزشی و ... و به منظور ساماندهی، هماهنگ سازی و استاندارد سازی فعالیت های مذکور و همچنین به منظور آگاهی از ظرفیت ها و قابلیت های کانون های کل کشور، دبیرخانه ستاد عالی بر آن شد برنامه های ذاتی فعالیت های قابل ارائه در این مراکز را به صورت مدون در اختیار کانون ها قرار دهد تا علاوه بر رشد تصاعدی فعالیت ها، زمینه خود کفایی و خودگردانی برنامه ای کانون ها را نیز فراهم آورد.

- کتابخانه مساجد ( کتابخانه های دائمی – کتابخانه های باز )
 
با تاسیس ستاد عالی هماهنگی و نظارت بر کانونهای فرهنگی هنری مساجد راه اندازی ، ساماندهی و تجهیز کتابخانه های مساجد ، به عنوان نهاد مکمل فعالیت های فرهنگی و در راستای اهداف کانونهای مساجد در سراسر کشور آغاز شد. ارتقای سطح علمی و فرهنگی اقشار جامعه به ویژه جوانان و نوجوانان، آشنایی با مفاهیم و اصول اسلامی و نیز تربیت مبلغینی آگاه در حوزه عقاید اسلامی از جمله اهدافی است که در پی گیری و توجه به امور کتابخانه های مساجد مورد نظر بوده است.
 این کتابخانه ها با ارسال قفسه، میز، صندلی و کتاب های فرهنگی، دینی، قرآنی، ادبی، علمی، کمک آموزشی و .... تجهیز می شوند.
علاوه بر کتابخانه های دائمی ، کتابخانه های باز نیز در مساجد راه اندازی می شود. کتابخانه های باز در مساجدی که فضای کافی برای ایجاد کتابخانه دایمی ندارند، در شبستان مساجد به اجرا در می‌آید.
-  خبرگزاری شبستان
خبرگزاری شبستان با هدف انعکاس اخبار و رویدادهای مرتبط با حوزه دین و مسجد تاسیس شد. این خبرگزاری که از سال 1383 راه اندازی شده، در سال 1386 موفق شد به عنوان خبرگزاری تخصصی حوزه دین و مساجد مجور رسمی خود را دریافت نماید. تهیه، تولید و انعکاس بالغ بر صدها هزار عنوان خبری از طریق سرویس های قرآنی، معارف، مسجد، مهدویت، اجتماعی، فرهنگی، بین الملل ، وبلاگ های دینی، کانونهای مساجد ، استانها و نشریه الکترونیک در قالب خبر ، گزارش، مصاحبه، یادداشت، عکس و مقاله در سالهای اخیر را می توان به عنوان شاخص ترین فعالیت این خبرگزاری برشمرد. فراموش نشود فعالیت های مذکور با استفاده از ظرفیت های بسیار گسترده خبرنگارانی است که بصورت رسمی و افتخاری در حال ارائه خدمت رسانه ای می باشند.
 آشنایی با فعالیت کانون های فرهنگی و هنری مساجد :
-    فعالیت های قرآنی
طرح تلاوت نور ، تفسیر روزانه قرآن کریم ، خانه های نور و حمایت از طرح های قرآنی عمده ترین عناوین فعالیت های ستاد عالی کانونهای ستاد عالی کانونهای فرهنگی هنری مساجد در بخش قرآنی است.
-  تلاوت نور :
ترویج طرح تلاوت یک صفحه قرآن در بین نمازهای جماعت مساجد سراسر کشور و اهدای صدها هزار جلد قرآن کریم به مساجد مجری این طرح یکی از شاخص ترین برنامه های قرآنی است که با اجرای این طرح از سوی دبیرخانه کانونهای فرهنگی هنری مساجد استان آذربایجانشرقی مساجد مجری به قرآن های معنا دار تجهیز شده است.
تفسیر روزانه قرآن کریم : اجرای همزمان طرح تلاوت نور با طرح احیای تفسیر روزانه قرآن کریم در قالب 15 جلد تفسیر همراه به عنوان تلاشی است که ضمن انس عمومی با قرآن و احیای فرهنگ قرائت روزانه قرآن کریم ، قرآن پژوهی نیز از یک جریان صرفا تخصصی به جریان عمومی و فراگیر مبدل می شود .
با هماهنگی و نظارت دبیرخانه هماهنگی کانونهای فرهنگی هنری مساجد استان و اهدای مجموعه تفاسیر در استان نیز این طرح در 350 باب از مساجد اجرار می شود.
-   اوقات فراغت (طرح آسمانی ها):
طرح آسمانی به منظور غنی سازی اوقات فراغت نوجوانان و جوانان و تعامل بیشتر انان با مساجد از سوی کانون های فرهنگی هنری اجرا می شود که شامل فعالیت هایی چون: برگزاری کلاس های آموزشی، ورزشی، هنری، فرهنگی و ... است.
-    فعالیت های پژوهشی :
تشکیل هسته های پژوهشی در مساجد، با هدف شناسایی ، تربیت و حمایت از جوانان دارای استعدادهای برتر ، برگزاری میزگردهای تخصصی با رویکرد استفاده از تجربیات و نظرات ارزشمند کارشناسان و صاحب نظران و همچنین انتشار کتابهایی با موضوع مسجد و حمایت از پژوهشهای مسجدی از شاخص ترین فعالیت های پژوهشی ستاد عالی است.
در این زمینه کانون تخصصی پژوهش تاسیس و تجهیز شده که اجرای 2 دوره آموزشی روش تحقیق و پژوهش ، تشکیل 40 هسته پژوهشی در کانونهای فعال و تهیه سالانه میانگین 70 طرح تحقیقاتی و پژوهشی از جمله عملکردهای این بخش می باشد.
-   فعالیت های آموزشی :
اجرای پروژهای مختلف آموزشی برای مخاطبین کانونهای فرهنگی هنری مساجد از شاخص ترین فعالیت های این مجموعه فرهنگی است. دوره های آموزشی مشترک ائمه جماعات و مدیران کانونها و همچنین برگزاری دوره های تخصصی آموزش کتابداران ، خبرنگاران و مدیران کانونهای مساجد در قالب برنامه های متمرکز و غیر متمرکز به شیوه مکاتبه ای و حضوری را می توان از محوری ترین فعالیت های آموزشی دبیرخانه هماهنگی کانونهای مساجد عنوان کرد.
-  کانونهای تخصصی:
با توجه به گسترش فعالیتهای کانونهای فرهنگی هنرس مساجد و به منظور استفاده بهینه از نیروهای مجرب و باتجربه کانونها و نیز ارتقاء سطح علمی آنها از سال 1387 کانونهای تخصصی تاسیس و شروع به فعالیت نموده اند که به حول قوه الهی در استان آذربایجان شرقی طی سالهای 87 و 88 و 89 پانزده باب کانون تخصصی در موضوعات قرآن و نماز، مهدویت، هنرهای تجسمی، هنرهای نمایشی، جشنواره‌‌‌ها و همایش‌ها، کتاب و کتابخوانی، آموزش، پژوهش، نظارت، IT ، ورزش، سمعی و بصری و تبلیغات، چهره به چهره، مشاوره و ایثار و شهادت فعالیت خود را آغاز کرده اند.
-   جشنواره بزرگ جوانان مساجد:
این جشنواره که ویژه اعضاء کانون های فرهنگی هنری مساجد است با هفت عنوان فرهنگی و هنری برگزار می شود:
·        جشنواره قرآن (مدهامّتان)، در رشته های زیر برگزار می‌گردد: قرائت -  حفظ سه بخش)10 جزء، 15 جزء و حفظ کل) - اذان (ویژه مؤذنین مساجد) - ترتیل خوانی (ویژه قاریان طرح تلاوت نور) - مفاهیم  قرآن- ابتهال-مفاهیم نهج البلاغه
·        جشنواره هنرهای تجسمی  (ترنج) ، در 5 رشته عکس، گرافیک، طراحی و نقاشی، خوشنویسی و کاریکاتور
·        جشنواره آواها و نغمه‌های آسمانی در دو بخش سرود و تواشیح
·        جشنواره هنرهای نمایشی (حضور)، در سه رشته ،تئاتر صحنه ای ، نمایشنامه نویسی و فیلم کوتاه در سه بخش (فیلم کوتاه، مستند، انیمیشن)
·        جشنواره شعر و قطعات ادبی (گلدسته های سپید)، در چهار رشته شعر نو، شعر کلاسیک، نثر ادبی و داستان نویسی
·        جشنواره نشریات تجربی و  وبلاگ نویسی (محراب قلم) 
·        جشنواره شیوه های نوین تدریس معارف دین (شکوه اندیشه)، در بخش های قرآن،احکام و معارف دینی