کوههای استان از نظر زمین شناسی حاصل آخرین حرکات کوهزایی دوران سوم و از کوههای جوان می باشند . این کوهها به دو بخش عمده : 1- رشته کوه کپه داغ 2- رشته کوه آلاداغ تقسیم می شوند .مهم ترین قله استان، قله کوه شاه جهان موسوم به قله «کرکزو» است.که ارتفاع آن از سطح دریا 3 هزار و 86 متر است .مرتفع ترین نقطه أن قله شاه جهان در رشته کوههای آلاداغ 3051 متر و پست ترین نقطه آن در روستای تازه یاب در قسمت خروجی رودخانه اترک با ارتفاع 4000 متر از سطح دریا قرار دارد . ارتفاع متوسط استان 1326 متر از سطح دریا می باشد .لازم به ذکر است روستای گلیان از زیباترین کوهپایه های کوه شاه جهان است.